De Raphaëlstichting kent een raad van bestuur van twee personen: Annemarie Zuidweg en Bas Holvast. Dit bestuur legt verantwoording af aan de raad van toezicht.
In de raad van toezicht hebben zitting: Rob van Dam (voorzitter), Jules van Dam, Christel Deckers, Monique Kossen en Frauke Wessel.
De raad van bestuur wordt met adviezen ondersteund door een managementteam. Hierin zitten de eindverantwoordelijken van de instellingen.