De Raphaëlstichting kent een raad van bestuur van twee personen: Annemarie Zuidweg en Bas Holvast. Dit bestuur legt verantwoording af aan de raad van toezicht.
In de raad van toezicht hebben zitting: Tanja Ineke (voorzitter), Frauke Wessel, Monique Kossen, Christel Deckers en Rob van Dam.
De raad van bestuur wordt met adviezen ondersteund door een managementteam. Hierin zitten de eindverantwoordelijken van de instellingen.